O genoma de eucariotos apresenta maior complexidade e tamanho do que o de procaritos.

Nos eucariotos não há o sistema de Operon, no entanto os genes se organizam em famílias que possuem funções relacionadas.

Existem pseudogenes, genes que não geram produtos funcionais.

Os genes são contínuos e ininterruptos.

Os organismos eucariotos são, em sua maioria, diplóides, ou seja, possuem duas cópias de uma molécula de DNA.