Veja aqui a lista das principais universidades participantes do Prouni! Vale lembrar que a lista de instituições participantes pode variar no decorrer do ano, com a adesão e a saída de universidades. A lista atualizada é sempre divulgada com a abertura das inscrições para o primeiro e segundo semestre:
Norte
Amazonas
- Universidade da Amazônia – UNAMA
Nordeste
Centro-Oeste
Sudeste
Minas Gerais
- Pontifícia Universidade Católica de Minas Gerais – PUC Minas
São Paulo
- Pontifícia Universidade Católica de Campinas – PUC-Campinas
- Pontifícia Universidade Católica de São Paulo – PUC-SP
- Universidade Anhanguera de São Paulo – UNIAN
- Universidade Anhembi Morumbi
- Universidade Braz Cubas – UBC
- Universidade Cidade de São Paulo – UNICID
- Universidade Cruzeiro do Sul